Optimisation of Standard PCR Programme.

Zaid Al-Obaidi

Kerbala University, College of Pharmacy, Dep. of Pharmaceutical Chemistry,

Mobile: +964(0)7702751265, Email: zaid.alobaidi@uokerbala.edu.iq

Keywords: Standard PCR Programme, Mg⁺⁺ concentration, Taq polymerase.

Abstract:

PCR is a very sensitive technique that gained its significance through the high contribution on a variety of bioscience fields. It is not surprising that the most cited scientific paper in biosciences is related to the PCR programme. The optimisation of the PCR is very important to achieve amplification with reliable results. Variables like Mg⁺⁺ concentration, template DNA dilution, annealing temperature, and primers’ concentration were optimized using classical and touchdown amplification methods. Other PCR methods like hot-start can improve the quality and the quantity of the PCR yield. The utilization of mathematical and statistical ways in designing a PCR programme like Taguchi or chessboarding methods can efficiently enhance the PCR reaction. Also the usage of very pure reagents and the utilization of a suitable kind of the Taq polymerase would highly improve future experiments. This work was performed to find the optimal reaction conditions for the utilized standard PCR programme.

تكامل برنامج تفاعلات الكوثرة القياسي.

زيد مهدي جابر العبيدي

جامعة كربلاء\ كلية الصيدلة\ فرع الكيمياء الصيدلانية

 مفتاح البحث: تفاعلات الكوثرة القياسية، تركيز ايونات المغنسيوم،  Taq polymerase.

الخلاصة:

تفاعلات الكوثرة (PCR) هي تقنية حساسة جدا و التي كسبت أهميتها من خلال المساهمة العالية على مجموعة متنوعة من مجالات العلوم الحيوية. فإنه ليس من المستغرب أن الورقة العلمية الأكثر ذكرا في العلوم البيولوجية هي المتعلقة ببرنامج PCR. وتعظيم الاستفادة من PCR مهم جدا لتحقيق التضخيم مع نتائج يمكن الاعتماد عليها. المتغيرات مثل تركيز آيونات المغنيسيوم ، تخفيف قالب الDNA ، ودرجة الحرارة التصلب، وتم تكامل تركيز البوادئ باستخدام الأساليب الكلاسيكية والهبوطية للتضخيم. طرق اخرى لل PCR مثل البداية-الساخنة يمكنها تحسين نوعية وكمية الناتج للPCR. استخدام الطرق الرياضية والإحصائية في تصميم برنامج PCR مثل طريقة تاجوشى (Taguchi) أو طريقة الشطرنج (chessboarding) يمكن أن تعزز كفاءة تفاعلات الكوثرة. أيضا استخدام كواشف نقية جدا واستخدام نوع مناسب من انزيم (Taq polymerase) يمكنها أن تحسن بشكل كبير التجارب المستقبلية. تم تنفيذ هذا العمل للعثور على ظروف التفاعل الأمثل لبرنامج PCR القياسي المستخدم.

تحميل البحث