Molecular docking of novel, short peptide from Flammulina velutipes with influenza drug targets in comparison with anti-influenza drugs amantadine, oseltamivir and zanamivir

Abo Almaali, H. M.

Branch of Clinical Laboratory Sciences, College of Pharmacy, Kerbala University, Iraq.

Keywords: Influenza virus, Antiviral peptide, Molecular docking, Nuraminidase,  Hemagglutinin

Received (Sebtember), Accepted (December)

ABSTRACT

Influenza viruses known to cause widespread morbidity and mortality, and distributed throughout several parts of the world, producing a serious public health threat, and may result in a pandemic. The antimicrobial peptides known to have broad spectrum activity and considered a promising agents in microbial inhibition and killing.  So that this study was done to find the probable scope of anti-influenza activity of short peptide FV16 (KKVGTSKVVAKTVTKK) a sixteen amino acids short peptide inspired from the bacteria  F. velutipes. Hex 8.0.0 software was used to find the probable binding positions  and binding strength of FV16 with particular viral targets. This study was resulted in a high degree of binding strength of FV16 with the most studied influenza targets in comparison with the binding strength of other approved anti-influenza drugs (amantadine, oseltamivir and zanamivir), the influenza drug targets were  neuraminidase, hemagglutinin, M1 and M2 proteins. Furthermore, FV16 binding positions on each particular viral targets derived from particular strain have its own unique position, this may give it the property of multi-strain binding agent to expand its spectrum against influenza virus strains. In conclusion, FV16 may have the potential to be an anti-influenza agent, and may bind to future generated strains. Future in vitro studies needed to prove this hypothesis. 

التكامل الجزيئي لببتيد جديد وقصير مستل من بكتريا  Flammulina velutipes مع اهداف دوائية في فايروس الانفلونزا مقارنة بالأدوية المضادة للأنفلونزا  amantadineوoseltamivir  و  zanamivir

حسن محمود موسى ابو المعالي

فرع العلوم المختبرية السريرية, كلية الصيدلة, جامعة كربلاء, العراق.

الكلمات المفتاحية: فايروس الانفلونزا ,الببتيدات المضادة للفايروسات ,التكامل الجزيئي , نيورامنيديز , هيماكلوتينين

الخلاصة

 يعد فايروس الانفلونزا من الجراثيم المنتشرة بشكل واسع ويسبب الكثير من الاصابات وقد تقود الاصابة ببعض السلالات الى الوفاة. و ان هذا الفايروس يتوزع في مناطق مختلفة من العالم  مسبباً خطراً  كبيراً على الصحة العامة وقد يصل الى حدوث الاوبئة المجتاحة. ان الببتيدات المضادة للجراثيم معروفة بكونها ذات مدى فعالية  واسع وتعد عوامل واعدة في تثبيط وقتل الاحياء المجهرية .لذلك تم اجراء هذه الدراسة لإيجاد المدى المحتمل للارتباط بفايروس الإنفلونزا للبتيد القصير FV16  (KKVGTSKVVAKTVTKK)المتكون من 16 حامض اميني والمستل من بكتريا F. velutipes. تم استخدام برنامج Hex 8.0.0 لإيجاد مواضع الارتباط المحتملة لبعض الاهداف الدوائية في فايروس الانفلونزا مع هذا الببتيد وكذلك شدة الارتباط بينهما. نتج عن هذه الدراسة اكتشاف شدة ارتباط عالية بين ببتيد FV16 مع اغلب الاهداف الدوائية المدروسة, وشدة ارتباط هذه الاهداف الدوائية مع ببتيد FV16 كانت اعلى من ما هو حاصل فيما بين الاهداف الدوائية وبعض الادوية المقرة دولياً ضد فايروس الانفلونزا. وتتضمن هذه الاهداف الدوائيةكلاً من neuraminidase و hemagglutinin و بروتيناM1  وM2. فضلا عن ذلك فان مواضع ارتباط ببتيد FV16 مع كل هدف معين مأخوذة من سلالات مختلفة تتباين حسب السلالة الفايروسية المدروسة , و هذه الصفة قد تعطي ببتيد FV16 صفة القدرة على الارتباط بالسلالات المختلفة اي توسع الطيف في امكانية الارتباط بالإنفلونزا. ان  نتائج الدراسة الحالية تدعو للاستنتاج ان ببتيد FV16 قد تكون له الامكانية لان يكون عامل مضاد للإنفلونزا , وقد يعمل ايضا على السلالات المتولدة مستقبلا, وهنالك حاجة للعديد من الدراسات المختبرية الاخرى لإثبات هذه النظرية.

تحميل البحث