Duplex PCR primers for detection of Helicobacter pylori DNA directly from gastric biopsy samples
Hassan M. Abu-Almaali 1, Hadi A. Al-Khatabi 2,Hassan A. Nasr-Allah 3, Zahra M. Al-Khafaji 1
1 Baghdad University- Genetic Engineering and Biotechnology Institute, 2 Al- Husain general hospital, 3 Karbala university- College of medicine
Abstract
In order to avoid PCR inactivation because of nucleotides variability in primers annealing sites in template DNA molecules and confirmation the presence of medically important bacterium Helicobacter pylori in gastric biopsy samples with high accuracy, relatively low cost and easily, several primers pairs analyzed for duplexing capacity. One of 16s ribosomal RNA gene, and one of glmM (UreC) gene of this bacterium have duplexing capacity. Those primers are designed separately to detect the presences ofH. pylori with high efficiency. Dimerization analysis resulted in allowable degree to use in duplex PCR, and the laboratory results confirmed applicability of this hypothesis. The present study concluded that the combination of these two primers is suitable for accurately detection of these bacteria directly from gastric biopsy specimens.
Specialty: Molecular Microbiology, Computational biology
ضم بوادئ تفاعل الكوثرة المزدوج للكشف عن كميات دقيقة من DNA بكتريا الملويات البوابية (pyloriHelicobacter) مباشرة من عينات الخزع المعدية
حسن محمود موسى ابو المعالي 1, هادي عبد زيد الخطابي 2 , حسن علي نصر الله 3 , زهرة محمود ناصر الخفاجي 1
1 معهد الهندسة الوراثية و التقنيات الاحيائية , 2 مستشفى الحسين العام , 3 جامعة كربلاء كلية الطب
الخلاصة
لاجل تلافي فشل تفاعل الكوثرة بسبب التقلب في النيوكليوتيدات في مواضع ارتباط البوادئ بجزيئات DNAالقالب و تاكيد وجود بكتريا الملويات البوابية (Helicobacter pylori) المهمة طبيا في عينات الخزع المعدية بدقة عالية و كلفة مقبولة نسبيا و بطريقة سهلة , تم تحليل عدد من البوادئ لايجاد امكانيتها في احداث تفاعل الكوثرة المزدوج وقد وجد ان احد البوادئ المتخصصة بتضخيم جين 16s ribosomal RNA لهذه البكتريا و كذلك احد البوادئ الخاصة بتضخيم جين glmM (UreC) لنفس البكتريا لهما القابلية في احداث تفاعل الكوثرة المزدوجDuplex PCR سوية في ان واحد. و ان هذه البوادئ قد تم تصميمها مسبقا لغرض الكشف عن هذه البكتريا بكفائة عالية كل على حدة و قد بينت النتائج ان فحص الازدواج الذاتي و المتباين قد افضى الى درجات مسموح بها لاجراء تفاعل الكوثرة المتعدد و ان النتائج التجريبية اثبتت هذه الفرضية. و يستنتج من الدراسة الحالية ان الجمع بين هذين البادئين ملائم للكشف الدقيق عن و جود هذه البكتريا في عينات الخزع المعدية.
التخصص: علم الاحياء المجهرية الجزيئي, علم الاحياء الحاسوبي.
تحميل البحث
