In silico Identification to Potential Drug siRNA Using Statistical Methods in Helicobacter pylori

Al Rikabi, Z. H.

Institute of Genetic Engineering and Biotechnology for Postgraduate Studies, University of Baghdad, Iraq

Key words: In silico study, siRNA, Target design, and DEG 

Received (June), Accepted (December)

ABSTRACT

Helicobacter pylori a causative influence risk of carcinogenesis which has developed resistance to drugs. The present study was carried out to identify potential drug targets in H. pylori by design of potent siRNA. To reach the goal, the collection essential gene for H. pylori and host from DEG, then a variety of bioinformatics databases studying Blastp Database of essential genes, Blastp from NCBI and KEGG, for selection non-homologous genes, then the software OligoWalk to design siRNA. The study concluded to get seven (7) essential membrane protein of H. pylori to become drug target, then subjected to find siRNA which are shorter than 21 nt about 2423 siRNA, 110 siRNA (Effective siRNA rules), 56 siRNA (ratio GC (35%-60%)), 50 siRNA (Desired position), 30 siRNA (Probability range between (0.70-0.91)), 20 siRNA (Secondary structures), 8 siRNA (Drug target), this steps respectively. Conclusion: Eight (8) siRNA which could use as potential drug target for resistant of Helicobacter pylori 26695.

.دراسه حاسوبيه لتشخيص التواليات الدوائية siRNA  الاكفأ باستخدام طرق احصائية لبكتريا Helicobacter pylori

زينب هاتف عباس

معهد الهندسة الوراثية والتقنيات الاحيائية للدراسات العليا – جامعه بغداد – العراق

الكلمات المفتاحية: دراسه حاسوبية، siRNA، تصميم الدواء،قاعده البيانات لجينات الاساسية   

الخلاصة

بكتريا  Helicobacter pylori من المسببات المرضيه الخطرة لاحداث التسرطن والتي تطورت لمقاومة العقاقير. وقد أجريت هذه الدراسة لتحديد أهداف دوائية لـ H. pylori بتصميم تواليات صغيره قويه التاثير من .siRNA للوصول  للهدف،  تم جمع الجينات الاساسية لـ H. pylori والمضيف (الإنسان) من قاعده بيانات ،وتم استخدام العديد من برامجيات المعلوماتية الحيوية blastp من قاعده البيانات DEG  و NCBI وباستخدام Blastp   كما استخدمت KEGG لاختيار الجينات غير المتجانسة. وتم استخدام برنامج  OlioWalkلايجاد siRNA واستخلصت الدراسه للوصول الى سبعه من البروتينات  الغشائية الاساسية لـ  H.pylori لتصبح اهدافا دوائية،  ثم اخضعت لايجاد  siRNA والتي تكون أقصر من 21 نيوكلتيد والبالغ عددها 2423 siRNA، 110siRNA (خاضعة قواعد تصميم siRNA الفعال)، 56 siRNA (ضمن حدود GC٪ المطلوبه (35%-60%))، و 50 siRNA (ضمن الموقع المطلوب)، 30 siRNA (ذات احتماليه عاليه تراوحت بين 0.70-0.91))، 20 siRNA (الهياكل الثانوية)، 8 siRNA (اهدافا دوائية) على التوالي. الاستنتاج: ثمانية تواليات صغيره من  نيوكلتيدات ( (siRNA تمثل اهدافا دوائية لمقاومه بكتريا Helicobacter pylori 26695 .

تحميل البحث